Lise eğitimini İzmir Atatürk Lisesi'nde yaptı. Daha sonra Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi iktisat ve maliye bölümlerini bitirdi. Paris ve Poitiers üniversitelerinde doktora öğrenimini tamamladı. Yurt dışında bulunduğu süre boyunca; azgelişmişlik, emperyalizm ve kapitalizmden sosyalizme geçiş sorunları üzerine birçok araştırma yaptı.
Bir süre Sosyal Hizmetler Akademisi'nde iktisat dersleri verdi.

Abant Izzet Baysal Üniversitesi iktisat bölümü öğretim üyesi iken Paradigmanın İflası adlı kitabından ötürü Terörle Mücadele Yasası'na muhalefetten 20 ay hapis cezasına çarptırıldı. Haymana Kapalı Cezaevi'nde cezasını çekti. 2004'te, 1994 yılında Gündem gazetesinde yayımlanan ve hiçbir adli işleme konu olmayan makalelerine "Akıntıya Karşı Yazılar" adlı kitabında yer veren Doç. Dr. Fikret Başkaya'nın, "devletin manevi şahsiyetine hakaret ettiği" gerekçesiyle 3 yıl hapsi istendi.

Ankara 2. Asliye Ceza Mahkemesi'nde görülen davada Başkaya'nın 'eleştiri sınırları içinde kaldığı'na hükmedilerek hakkında beraat kararı verildi (2005).
2006 yılında Kültür ve Turizm Bakanlığı, Başkaya'nın 'Paradigmanın İflası' adlı kitabına sesli kitap projesinde yer verdi.

Fikret Başkaya 2007 yılı itibarıyla Özgür Üniversite'nin başkanlığı görevini sürdürmekte ve bu kuruluşta gönüllü olarak ders vermektedir.